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Elle fut construite en 1765-1766 sous le règne d'Hussein Ali, le khan d'Erevan (la mosquée est d'ailleurs parfois appelée « la mosquée d'Hussein Ali »). Avant la soviétisation de l'Arménie, elle est une des huit mosquées de la ville. En 1952, elle est un moment transformée en planétarium sur ordre du gouvernement soviétique qui y interdit les services religieux.
Jusqu'à la guerre du Haut-Karabagh qui fait fuir la majorité des Azéris hors du pays entre 1988 et 1991, elle est la principale mosquée de cette population musulmane. Ce sont aujourd'hui les Iraniens voisins qui la fréquentent.