J'oublie facilement les conditions de mes essais. Ce document constitue donc mes notes. Il est intéressant, car il montre la progression des manipulations et des essais.
Ce sujet fait suite à une discussion avec une personne qui voyage à Madagascar, et qui n'a pas de moyens pour photographier de minuscules fleurs (1 mm). J'éprouve également ce genre de problèmes quand je voyage. Il faut pouvoir faire les photos en qqs secondes... J'analyse également cette voie technologique pour un autre projet qui réclame une caméra HD, et le passage à des séries d'images (pour des traitements massifs de photos: 1000 000!). L'utilisation d'un rideau m'est donc interdite.
Faire du stacking à partir de vidéos HD obtenues par un reflex (ou par un COI, genre NEX).
L'idée est de prendre une vidéo d'une séquence de réglage d'un microscope. Ainsi, on passe par de nombreux 'points/plans' nets. Les prises de vues durent quelques secondes et je modifie la mise au point de manière continue pendant quelques secondes (pas d'à coup).
Si on transforme cette vidéo en une séquence d'images, on aura alors de la matière à fournir à nos logiciels de stacking.
J'utilise dans ces essais mon microscope Laborlux noir, monté avec des objectifs métallographiques plans. Cnscope 2.5x et 4x, Reichert 10x et JML 20x.
Le microscope est installé avec un tube photo (en retirant la bino) que j'ai modifié pour y installer le reflex D7000. (installation d'une baïonnette Nikon. Simple à faire à partir d'un jeu de bagues rallonge: un perçage, et un peu de ruban adhésif pour ajuster les diamètres)
Tube Leitz avec papier collant pour ajuster le diamètre, bague allonge 28 mm, bague allonge-baïonnette, reflex et viseur.
Etant en mode épi-scopie, j'utilise évidemment un éclairage par le dessus. J'ai commencé mes essais avec 2 lampes Jansjö, qui donnent suffisamment de lumière, mais leurs températures de couleur ne sont pas bonnes. J'ai ensuite pris une lampe torche de 510 lumens, montée sur un porte microphone. (ce qui permet des réglages simples) Le flux de lumière est toujours modifié en plaçant un sac plastique Mylar, pour casser la cohérence spatiale du faisceau. (lumière trop dirigée)
J'utilise mon Nikon D7000, en mode vidéo. Pour faciliter le contrôle, j'y ai monté une loupe LCD V1, que j'utilise quand je fais de petites séquences cinématographiques. Seule manière de pouvoir maîtriser son cadrage en plein soleil.
Réglages faits sur 400 ISO, vitesse genre 1/125. Flux HD max en 24 im/s et en progressif (pas d'entrelacé)
Cliquer pour zoomer
...
Le D7000 génère des *.mov en format batard H264-AVC. Il y a donc nécessité de trouver et d'installer les bons codecs et QuickTime Alternative!
Le format vidéo est de 1080x1920 en 24 im/s. Codage YUV (tbc). Prendre la meilleure qualité possible.
Logiciel mythique, qui m'a beaucoup servi pour créer des Xvid d'émissions TV, lorsque mon fils habitait aux USA. Je connais bien ce logiciel. Et je l'utilise pour générer les séquences d'images. Une séquence vidéo conduit à 300 ou 1000 images.
Ayant une machine Win7 64 bits, j'ai tout installé en 64 bits: quelles difficultés pour trouver les codecs Nikon, AviSynth, ... en version 64 bits. Quicktime Aternative, ffmpeg, ...
Comme VirtualDub n'accepte pas les fichiers mov (de QuickTime. Humm Apple, quelle m... sur PC!) J'utilise un serveur de flux vidéo AviSynth (version 64 bits). Cela permet de fournir des signaux à VirtualDub. (Les 2 sont intimement liés, mais cela ne parait pas toujours évident)
Ce couple me permet de générer des lots de 300 à 1200 images... qui vont être analysées par Zerene Stacker.
1- Editer le fichier avs (avec NotePad, on met le nom du fichier mov)
2- VirtualDub: Choisir la séquence d'images et lancer Export. Vitesse Export: 33 s pour 502 images.
ici, 200 images
Ce logiciel permet l'empilement de zones nettes trouvées sur des lots de photos. On l'utilise en fonctionnement classique: Dmax et Pmax. Le logiciel reste rapide, car les images analysées ne font que 1080x1920.
3- Temps ZS, Pmax pour 502 images: 7 mn
4- Temps ZS, Dmax pour 502 images: 2mn58s +2mn14s
On doit pouvoir aussi utiliser Combine ZP.
Utilisé pour améliorer les images finales.
.
1100 images!
Juste pour débroussailler le principe... Tout faux! et peu encourageant...
L'éclairage est mauvais, température de couleur inadaptée, halo central dû à un tirage beaucoup trop grand (200 ou 250 mm au lieu de 150=160-10). Et comme ce halo n'est pas au centre, cela indique que mon montage n'était pas dans l'axe!
Après analyse, le halo est dû à des réflexions à l'intérieur du tube. (corrigé avec du tissu noir)
Je remets le tirage au minimum et centre un peu mieux. Et je recommence mes essais:
J'ai beau essayer de compenser la température de couleur...
Il me faut améliorer les conditions: Faire une adaptation mécanique pour ne plus craindre de voir tomber le reflex, et changer d'éclairage.
Je reprends cette fameuse lampe torche de 510 lumens, qui a une lumière du jour (genre 6000 K). Un diffuseur mylar est placé sur la lampe (pour casser la cohérence spatiale) Le reflex est maintenant parfaitement fixé au microscope.
Obj 4x, Dmax, , environ 500 images. Les bestioles ont un peu bougé...
Obj 4x, Dmax, 655 images
Obj 4x, Pmax, environ 500 images
Obj 4x, Pmax, 655 images
Obj 4x, Dmax, 502 images
Obj 4x, Dmax+Pmax, 453 images
Obj JML20x, Dmax, 346 images
Cette série était sous exposée, mais cela indique cependant ce qu'on peut obtenir.
Obj JML20x, Pmax, 453 images
il y a une tache lumineuse au centre. Tirage trop fort?
Obj JML20x, Pmax, 200 images
il y a 2 taches lumineuses. Reflets sur la platine?
...
Les prises de vues durent quelques secondes et je modifie la mise au point de manière continue pendant quelques secondes (sans à coup).
Pollens de crocus viollet. Reichert 10x, 412 images, vidéo de 17 s.
Il faut attendre presque 1 mn pour le chargement de cette animation (5MB)
Et une animation en relief... Il faut loucher et arriver à superposer l'image de gauche sur celle de droite...
(Avoir la tête en face et perpendiculaire au milieu de l'image, et la tête horizontale de manière à ce que le haut reste bien aligné)
On peut s'amuser à regarder mes taches de capteurs se tortiller. (Je sais qu'il faut le nettoyer)
J'aurais du faire le relief avec des photos verticales.
JML20x, pollens de crocus, 522 images
ret3102mov800.jpg
Dmap retouchée, 427 images, JML 20x (après avoir mis un anti-reflet noir dans le tube)
ret3088mov800.jpg
Dmap retouchée, 806 images, Cnscope 4x ?
Tartrates de calcium?
ret3130mov800.jpg
Dmap retouchée, 329 images, JML 20x
Tige de primevère
ret3137mov800.jpg
Dmap, 795 images, Cnscope 4x
...
ret3143mov800.jpg
Dmap retouchée, 815 images, Cnscope 4x
Tige jeune de forsythia
DMap3144mov800.jpg
Dmap, 541 images, Cnscope 4x
...
Essais forts intéressants. Plus de problèmes de vibration avec un 50x. Par contre la vis micrométrique est trop grossière...
Tige jeune de forsythia
DMap3173mov800.jpg
Dmap, 552 images, Olympus Msplan 50x
(surex dû à un éclairage trop dirigé)
Extrémité d'une tige jeune de forsythia
ret3181mov800.jpg
Dmap retouchée, 646 images, Olympus Msplan 50x
...
PMax3199mov800.jpg
Pmax, 864 images, JML 20x
Il respire! Et il est très sensible à la lumière d'où une sous-exposition.
...
DMap3207mov800.jpg
Dmap, 220 images, JML 20x
Dmap, 276 images sombres, Olympus Msplan 50x
Le bruit qui apparait correspond bien à des détails des tuiles. Ce
n'est pas du bruit de capteur photo. On le voit stable sur toutes les
photos élémentaires.
Animation ayant requis le traitement de 15x383=5745 images
11.1 MB, il faut attendre (10s ?) le chargement pour voir l'animation
Pmax, 383x15 images, Mplan 10x
en vision croisée (en louchant)
Vision à l'infini (500)
en 800, 1300 de large si appareil
...
Les premiers essais ont été faits en epi-scopie (éclairage par le dessus) avec un objectif 50x. Il faut évidemment beaucoup de lumière (La lampe torche de 510 lumens donne de bons résultats.
La définition 1080x1920 est trop faible pour prendre les détails (confirmé par les premiers stackings). J'ai donc ajouté un doubleur de focale sur mon D7000. Et là, cela devient possible comme on peut le voir sur l'image suivante:
...
DMap3402mov800.jpg
Dmap, 63 images, Olympus Msplan 50x +Doubleur de focale Nikon
Séquence vidéo correspondante: DSC_3402mov.avi
Eclairage: épiscopie avec 2 Jansjö +510 lumens
ZS: Options > Préférences > X Y S R B off (puisque la vidéo ne tremble pas)
Note: Ici les diatomées se chevauchent. Ce n'est pas esthétique et cela ne représente pas la qualité réelle de la lame. Je voulais ici matière à démontrer l'utilisation de la VidéoHD. Pour le futur, je prendrais évidemment des diatomées sans chevauchement.
Réglage CP foireux, lampe 510 lm.
PMax3428mov800.jpg
Pmax, 59 images, Phaco 40x +Doubleur de focale Nikon
Séquence vidéo correspondante (0.3 MB): DSC_3428mov.avi
ZS: Options > Préférences > X Y on, S R B off
PSP: nettoyage des grains (Maculer +flou, diminution de la couleur)
A été traitée avec la méthode anti-bruit (voir 3447 AB).
Image cropée.
DMap3437movCropeAB_800.jpg
Dmap, 75 images, Olympus Msplan 50x +Doubleur de focale Nikon
ZS: Options > Préférences > X Y S R B off, A on
PSP: nettoyage des grains de sable, poussières (Maculer+flou, diminution de la couleur)
...
Un autre intérêt (ou espoir) de cette technique est de pouvoir faire du stacking sans aucun équipement... Exemple en voyage: pas de pied, pas de microscope, pas de banc macro, ... et pourtant il y a des documents à prendre. Même si la qualité n'est pas parfaite!
J'ai donc fait des essais (pas encore tous exploités), et cela donne de bons résultats. Et pourtant qu'est-ce que cela bouge! Pour les essais ci-après, j'ai utilisé mon reflex en mode VidéoHD, en utilisant mon objectif principal 16-85 (oubli du macro 55) en me rapprochant le plus possible de la tulipe.
Séquence vidéo correspondante (réduction 40%, 0.6 MB): Mov3369.avi Mais que c'est bougé!
Pmax retouchée, 120 (?) images, main levée, 16-85 Nikon, sans pied et aucun point d'appui.
Il a fallu faire de la retouche.
2013-09-24_17h18 voir LeNat
95 images, [Capteur]
Nikon D7000 16Mpx, [ISO] 800 1/250
[Objectifs Standards (FF ou APS-C)]: Macro 55 / 2.8 Nikon, [bagues] 32
mm
[Eclairage]: soleil
[Méthode stacking]: Main levée
Il s'agit ici de l'épeire diadème (Araneus diadematus) bien reconnaissable à la croix formée par les taches blanches, la zone à bandes sombres délimitée par les deux lignes en zigzag, le corps vaguement ovale (plus large dans le tiers supérieur), etc.
La lampe torche génère un peu de banding que l'on peut voir avec VirtualDub. Cela n'a pas l'air d'affecter le résultat.
J'ai aussi une 900 lm à essayer... 2 lampes atténueront le problème. sinon il faudra utiliser un générateur de courant continu (techno analogique)
Il faut éliminer les reflets sur la platine, qui rebondissent dans l'optique. Cette anomalie conduit-elle à la génération d'une tache lumineuse (diffuse) au centre des photos prises avec le JML20x? -> C'était bien un reflet métallique à l'intérieur du tube. J'ai donc collé un tissu noir.
Faut-il diminuer la diffusion de la lumière par les feuilles Mylar?
Utiliser un pot Actimel? (qui fonctionne si bien avec un flash) mais cela perd beaucoup de lumière. Et cela va rendre difficiles les stacking à très fort grossissement (50x, 100x)
Utiliser un stroboscope? Coups de flash dans une séquences vidéo? (Il est possible, par soft, de trouver les bonnes images. Mais cela risque de faire cafouiller le codage HD!)
Le capteur du réflex n'est pas à 150 mm de l'épaulement des objectifs. (qui sont des 160 mm) Il faudrait raccourcir le tube photo.
Cette anomalie conduit-elle à la génération d'une tache lumineuse (diffuse) au centre des photos prises avec le JML20x? NON!
Faire un nettoyage de capteur! Car de nombreuses traces sont visibles. Il est pourtant sensé s'auto nettoyer!
Trouver un système automatique de suppression des taches:
Piste darkfield, flatfield et all white:
13. Make an avs file to subtract the darkfield from
the flatfield avi, similarly to what you did with the event avi. It
should look like this:
a = AVIsource("C:\path3\flatfield.avi")
b = AVIsource("C:\path4\oneframedarkfield.avi")
overlay(a,b,mode="subtract",pc_range=true)
Trouver aussi la fonction histogramme, pour améliorer l'exposition. -> n'existe pas en mode vidéo chez Nikon!!! Il faut régler le reflex en mode photo (donc avec histogramme) puis basculer en mode VidéoHD. -> semble quand même conduire à de nombreuses surexpositions... A analyser!
Empêcher les pucerons de bouger!
Ne pas faire des séquences avec trop de relief. Car la taille de l'image varie, et ZS ne fait plus bien son travail.
Pas de bord lumineux à proximité d'une zone sombre!
Voir si on peut remplacer par Free Video to JPG Converter (Nécessite Windows XP SP3, Vista, 7, 8 and .Net Framework 2 SP2) download
Il faut ajouter une fonction pour éliminer les pixels morts, taches... sur le capteur
On doit pouvoir faire des stacks plus rapidement, et choisissant une image sur 4 (par exemple. Valable pour les faibles grossissements). Mais où est donc ce réglage?
Le passage par la vidéoHD permet de mieux comprendre les réactions de ce logiciel. Je vais pouvoir déterminer les mauvaises conditions d'utilisation de ZS, et ainsi acquérir une expérience profitable pour mes stacks classiques. (en évitant des essais avec mon reflex+miroir+diaphragme qui usent l'appareil)
Il semble que CombineZP fonctionne aussi bien voire mieux... (option pyramid. Une fois le résultat final affiché, il faut appuyer sur la touche "A" pour ne sélectionner que l'image sans les bords, puis sauver en sélectionnant "Save rectangle as".) CZP peut capturer directement des vidéos pour les traiter en piles. (mais en format *.wmv, limité à 255 images
L'augmentation de contraste est trop forte et conduit à une saturation des couleurs. Donc à modérer.
Méthode tout à fait acceptable, même si ce n'est pas parfait, mais au moins, on n'a plus le problème des vibrations, et de l'usure de son reflex. Le visionnage se fait à 24 im/s et est assez agréable. Il facilite grandement le cadrage. Il n'est pas nécessaire d'avoir une image très nette, car de toutes façons, on va générer une séquence de plusieurs centaines de plans nets.
Cela permet aussi de reporter l'achat d'une caméra pour son microscope.
L'utilisation d'une base de microscope offre une souplesse extrême: on peut déplacer le sujet avec le plateau (réglages X, Y), faire la mise au point (Z), la stabilité est bonne, plus de vibrations. Quelle souplesse de pouvoir changer d'objectif... Seul l'éclairage est délicat.
Le reflex étant sur un tube, on peut facilement orienter l'image en tournant le reflex.
Les Dmap semblent être meilleures.
Les lampes Jansjö ne sont pas adaptées. Il faudrait changer la LED (et son alimentation) par une 3 w (280 lumens) de 6500 K. Il faut donc faire une recherche avec un diamètre identique. Mettre également une lentille d'environ 25 mm de focale pour avoir un faisceau de lumière // (oculaire 10x à large pupille?).
La méthode doit/peut être utilisable sur le terrain avec un reflex couplé à un 2.5x ou 4x (via un cône). On doit pouvoir faire des séquences à "mains levées" (2 mains!)
Il est également intéressant de noter qu'on peut faire de nombreuses séquences, et de les tester avec VirtualDub. On ne fera le stacking que sur les bonnes séquences vidéoHD qui semblent esthétiques, contrastées, ... (Les séquences ne durent que 5 à 20 s)
Bien entendu, ces manips ne cherchent pas à se substituer à nos chers (très chers!) macroscopes avec leurs Mitutoyo et autres motorisations. Il s'agit d'une autre voie...
Le montage reste capable de faire de la macro-vidéo. (plus pour le stacking, mais pour avoir des séquences animées)
Voir Les discussions sur ce sujet de JMP: LeNaturaliste.net
Un autre fil de discussion sur un sujet semblable (essais de Simbad): LeNat
Effectivement, je prends mes vidéos avec mon appareil photo. Sur les Canon 600D, le format est en QuickTime Video File (.MOV) mais c'est quand même compressé car le poids des fichiers vidéo serait énorme. J'ai utilisé la version gratuite de Xilisoft Convertisseur Platinum 6 pour extraire les snapshots (photos). Dans la fonction de prévisualisation, il y a un bouton pour cette option. Je commence à tourner en flou complet et j'avance ou recule mon sujet au moyen du petit slider bien aligné et bien au niveau avec la caméra et je fini en flou complet. Les snapshots vont dans un dossier bien numérotés. Le logiciel de stacking fait le reste. /Simbad
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